A - Fondation de la première Eglise
Cette église « SAINT-PIERRE » fut bâtie par VALERAN, comte de Breteuil en 1118. Ce fait est attesté par LOUVET dans l'obituaire de Breteuil : « Vualeramus qui fundavit ecclesiam de Bonolio ».
B -Construction et description de la 2ème Eglise
Une seconde église a été rebâtie au début du XIIIème siècle, les religieux y transférèrent le siège de leurs offices et lui donnèrent le nom de SAINT-NICOLAS. Le service curial eut alors un autel à côté du chœur et fut exercé par le prieur.
A l'époque de l'institution des « commendes » ou bénéfices ecclésiastiques, on créa un vicaire perpétuel (ou curé) à portion congrue qui fut maintenu plus tard, lors de la réunion du prieuré au séminaire de Beauvais. Le séminaire fut chargé de l'entretien du vicaire qui desservait aussi Esquennoy et Saint-Sauveur anciennes dépendances de Bonneuil.
1.L'église actuelle est un vaste édifice, comprenant 3 chœurs et 1 nef :
le chœur central est dédié à Saint-Nicolas, montre des fenêtres ogives, des voûtes à nervures prismatiques, des colonnes (ou piliers) sans chapiteau.
celui du nord sous l'invocation de Ste Madeleine (aujourd’hui chœur Saint Joseph) est percé d'une fenêtre ogive géminée à têtes tréflées. Le reste a été reconstruit vers 1747.
le chœur Notre-Dame qui servait au culte paroissial est vaste, plus élevé que les autres, polygone comme eux. Ses fenêtres sont longues, ogives, étroites, les une simples, les autres, à deux ou trois divisions curvilignes. Les voûtes sont chargées de pendentifs peints. On rapporte sa construction à l'an 1553.
L'office paroissial était célébré dans ce choeur, voici ce qu'en pensait Jean FERRE curé en 1782 :
« L'église paroissiale est très vaste, elle est dans le plus mauvais ordre et quoiqu'elle ait environ 600 livres de revenu annuel, elle est dénuée d'ornement, sans en connaître la véritable raison, faute de titre primordiaux, les archives ayant toujours été très mal tenues, se fait dans le chœur qui est au midi et qui, vraisemblablement, n'était qu'une chapelle du temps ou il y avait des religieux, ce qui fait un très mauvais effet, la nef n'y répondant point»
La nef dépourvue de voûtes et de plafond paraît moderne, mais la façade à une porte et des ouvertures dessinées en Arc-Tudor. Il faut attribuer au milieu du XIIO siècle, plus d'un détail de ses sculptures : billettes, tuiles, damiers (visibles au-dessus du porche).
Une travée tenant au chœur Notre-Dame comme un transept appartient à l'école de la renaissance. On y voit une grande rose à rayons dont les vitraux laissent lire : « les Confrères du Saint-Sacrement j'on fait ».
2. Le clocher est une tour carrée, centrale, à arches ogivales. On le regarde comme la partie la plus ancienne de l'édifice, mais tous les ornements ont été enlevés. Une tourelle extérieure porte la date 1570. Les voûtes ont été détruites en 1826 par la chute d'une cloche. Elles durent être réparées.
3.Les vitraux : En 1850, on signalait dans le chœur Notre-Dame « des verrières remarquables, quoique gâtées ». Elles furent remplacées par des vitraux quelques années avant la première guerre mondiale.
Un vitrail commémore la visite de l'Evêque de Beauvais aux « pestiférés de Bonneuil » en 1668.
Un vitrail représente Saint-Roch dans la forêt « Comment le Saint reçoit le pain avec reconnaissance et bénit l'animal (le chien) qui le lui donne ».
Ces deux vitraux situés dans le choeur principal derrière le maître-autel ont été offerts par les Confrères du Très Saint-Sacrement et furent exécutés :
le 1er par Bulteau - Goulet à Noyon en 1904. et le second par L. Koch à Beauvais en1907.
Le vitrail situé dans le choeur Saint-Joseph représentant Saint-Pierre crucifié la tête en bas au Mesnil Saint-Firmin ainsi qu'une verrière de la nef, côté gauche face au chœur portent la marque de l'atelier LATTEUX-BAZIN (1873) .
Les plus beaux vitraux de l'église sont visibles dans le chœur Notre-Dame :
"Rose de la façade sud avec les quatre évangélistes azur rouge et or".
3 scènes à gauche de l'autel :
- comment J.c. institua la Sainte Eucharistie
- comment J.c. fut trahit par Judas
- comment J.C. pratiqua l'humilité (L. KOCH- Beauvais 1907)
3 autres tableaux font pendant à droite de l'autel, de haut en bas :
- Résurrection
- Ensevelissement
- Descente de Croix (restauré par BULTEAU-GOULET 1904)
Plusieurs scènes sur la façade sud :
- sur le mont des Oliviers, le Sauveur s'élève vers le ciel.
- Jésus apparaît à ses apôtres sur la mer de Tibériade.
- Thomas touche les plaies du Seigneur.
- Ponce-Pilate se lave les mains.
- Jésus est amené devant Ponce-Pilate.
- Jésus est arrêté.
La façade sud du chœur Notre-Dame est encore décorée d'un vitrail posé sur une fenêtre ogive à 3 divisions et représentant en 15 scènes, la vie de Jeanne d'Arc. Ce vitrail fut exécuté par J. HOUILLE à Beauvais (1911). Tous ces vitraux, dont quelques uns sont remarquables, furent endommagés par l'éclatement de bombes en Juin 1940. Une solution de fortune fut prise en 1943 pour fermer les ouvertures provoquées mais, certains vitraux peuvent être considérés comme perdus.
4.travaux divers entrepris dans l'église : en 1826 les voûtes durent être réparées après la chute d'une cloche.En 1872 les travaux de couverture furent entrepris sur la nef, les ardoises en portent la date. Outre les réparations de 1943 concernant les vitraux, diverses réparations et des aménagements avaient été exécutés dans l'église en 1941 par M.G. LEFEVRE.
En ce qui concerne la décoration intérieure, méritent d'être citées pour mémoire, outre des peintures exposées dans la nef, les répliques des statues de Ste Jeanne d'Arc, Ste Cécile, Ste Thérèse, St Antoine de Padoue, Ste Madeleine, St Pierre d'Assis, un Christ doré. Au fond du choeur est exposé un tableau offert par le "gouvernement de la république" et représentant le Seigneur rompant le pain.