C'est au milieu IXème siècle, le toponyme Bonoglium ("champ de Bonus" ou "champ féodal") apparaît pour la première fois, mais il n'est pas mentionné qu'il existait un sanctuaire à cette époque. En revanche, le village possède de nombreux aménagements défensifs, ce qui confirme la classification de "Plessis" (lieu fortifié) et les observations archéologiques faites sur le terrain.

Selon les écrits de Pierre LOUVET, historien du Beauvaisis (1569-1646), la possession de Bonoglium aurait été rétrocédée en 850, au comte d'Amiens Angilvin, missus de Charles le Chauve, par l'Eglise d'Amiens, qui l'aurait elle-même reçue du comte d'Amiens Igelran ou Engerrand, à une date indéterminée. Ces faits sont partiellement confirmés par l'Obituaire du Chapitre de la Cathédrale d'Amiens qui indique:
"Obitus Ingelvini comitis qui dedit nobis villas de Fontanis, de Vacaria, de Bonoil, de Dommelier, de Dommorens in pago Ambianensi".
C'est au XIème siècle que l'organisation territoriale et paroissiale de Bonneuil se détermine. Mouvant de la Seigneurie de Breteuil, distante de quelques lieues (et dont les premiers Seigneurs connus Hilduin ou Guildin, vasseaux du comte de Blois et de Chartres), Bonneuil va constitué dès lors l'une des quatre châtellenie du jeune comté de Breteuil, rattaché à la fin du XIIème siècle au comté de Clermont, à la suite du mariage entre Raoul de Clermont et Alice de Breteuil. Ce statut de châtellenie témoigne de l'importance topographique, stratégique et territoriale de Bonneuil, situé à proximité du comté d'Amiens et à la lisière des diocèses de Beauvais et Amiens.
Bonneuil voit s'ériger une motte castrale qui demeure aujourd'hui l'une des plus considérable du département et de la région. Parallèlement, va croître et se développer le complexe prieural et paroissial de Bonneuil, qui connaît une évolution comparable au comté de Breteuil. Le comte Guildin, relève l'abbaye bénédictine du bourg de Breteuil. C'est à l'un des premiers abbés de ce monastère, Guillaume 1er, que l'on attribue, en 1059-1060, la fondation du prieuré Saint Nicolas, dépendant de l'abbaye Notre Dame de Breteuil.
Au XIIème siècle (en 1118), le comte de Breteuil, Valeran 1er qui avait usurpé la cure de Mormaisons, la restitue solennellement en présence du roi Louis VI et de l'Evêque de Beauvais. En contrepartie, il supplie le prélat de bien vouloir concéder cette cure aux religieux de Bonneuil ("Canonici Sancti Nicolai de Bonolio").
"L'evesque de Beauvais accorda volontiers la requestre de Walleran en sorte que, du consentement des chanoines de la cathédrale, il donna cette cure au prieuré de Bonneuil, sauf la justice de l'Eglise de Beauvais et la maison du prestre de la paroisse de Mormaisons", rapporte un religieux de l'abbaye de Breteuil, en 1670. Selon ce religieux, ce serait Guillaume II qui aurait fondé le prieuré.
L'existence de la paroisse de Bonneuil, placée sous le vocable de Sait Pierre est attestée dès 1049, dans la bulle du pape Léon IX confirmant les bien concédés par le comte de Guilin à l'abbaye de Breteuil qui reçoit alors "tierram...partem Ecclesiae et altaris Sancti Petri de Bonolio, cum tertia parte Telonei et latronis et aliarum consuetum" ("la tierce partie de l'Eglise et de l'autel Saint Pierre de Bonneuil, avec la troisième partie du tonlieu, du ban, de la garde et des autres coutumes").
Le bourg, devenu considérable par le passage de l'Ancienne route de Picardie, et par l'établissement d'un marché, obtint du Roi Charles IX, sur l'intervention de Catherine de Médicis, comtesse de Clermont, des lettres patentes en septembre 1566.
En 1569, la Châtellenie, avec le comte de Clermont, fut engagée auprès du Duc de Brunswick.
En mai 1688, au cours d'un partage de la succession d'Anne de Montafié, veuve du comte de Soissons, cette seigneurie fut donnée à Marie d'Orléans, duchesse de Nemours, qui laissa ses biens à sa mort, en 1707, à Henri Louis de Bourbon, fils naturel de Louis de Bourbon, comte de Soissons, son oncle. La fille de ce dernier hérita de cette terre, qui revint au Duc de Luuynes et de Chevreuse, qu'elle épousa.
En 1825, le hameau de Gouy-les-Groseillers, fut rattaché à Bonneuil, puis séparé en 1835.